主题报告｜徐英春教授：mNGS在分型病原体及流行病溯源的应用

（融媒体记者 王璐）早在去年10月，国家卫生健康委发布了关于“提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率”专项行动的指导意见，而在今年3月的《2022年国家医疗质量安全改进目标的通知》中，也要求感染性疾病专业要提高呼吸道病原核酸检测率，降低病毒性肺炎抗菌药物的使用率。“这在某种程度上说明，在过去临床诊断的呼吸道感染中，可能相当一部分是由病毒所导致的问题，被施以抗菌药物治疗。”北京协和医院检验科主任、北京协和医学院临床检验诊断学系主任徐英春教授解释道。

传统的微生物检测，犹如姜太公钓鱼——愿者上钩，其往往通过单靶标，或多靶标的检测技术，来检测已知的病原微生物。与之相反的，宏基因组技术，更像是一张网，将很多病原微生物一网打尽，通过提取样本中的核酸进行高通量测序，将测序数据与数据库序列进行比对分析，从而获得样本病原体种类。根据操作步骤可以分为干实验和湿实验，而由于操作的劳动强度大、自动化能力弱等问题，所以要想把mNGS应用到常规临床检验上，实际上还有一个很艰苦的过程。

尽管如此，mNGS在分型病原体以及流行病溯源等方面的成功仍然不可忽略，其中第一大应用，就是其在监测病原体变异方面的重大贡献。新冠疫情暴发以来，有赖于宏基因组技术平台的监测，病毒不断变异的过程才得以被追踪。

宏基因组技术的第二大应用就是发现中枢神经感染能力的提升。众所周知，中枢神经系统感染诊断难度较大，徐英春教授以《新英格兰杂志》2014年刊载的病例为例，强调了宏基因组对于精准治疗，尤其是中枢神经系统感染方面的重要作用。

第三个方面的应用，就是宏基因组在发现混合感染病例方面的能力，挑战了过去传统的微生物培养思维，并提醒临床检验过程中，一定要送检高质量的标本。

第四个方面，宏基因组技术在发现难培养病原菌方面的能力也在提升。徐英春教授以一家三口感染鹦鹉热衣原体的病例为证，证明通过宏基因组技术可以将序列数不高的鹦鹉衣原体病例检测出来，从而指导临床用药。除此之外，宏基因组技术在早期诊断感染疾病、以及发现新发病原体方面也有重要作用。

随着临床检验技术的发展，宏基因组的优势逐渐显现，但留给临床的挑战也依然存在。徐英春主任表示：“尽管仍有不足，但我对宏基因组的未来仍抱有期待。”