近年来，分子系统发生学在医学真菌领域应用日益深入，这使得既往基于形态特征的致病真菌分类方式发生了巨大的变化，某些菌种属名出现变更，某些菌种合并为一个种，另一些菌种则认为包括多个种而演变为复合体。真菌本身命名相对复杂，因为真菌具有无性型和有性型，二型形态差异巨大，有不同命名方式。为了化繁为简，2011年国际真菌分类学者在阿姆斯特丹和墨尔本召开会议，讨论并通过了一个新的命名原则，即一个真菌一个名字（ one fungus one name）。基于上述变化，部分医学相关真菌的名称也发生了变更。

皮肤癣菌

皮肤癣菌中涉及名称改变的是须癣毛癣菌（Trichophyton mentagrophytes)。须癣毛癣菌样的真菌分为4种：趾间毛癣菌T. interdigitale( 亲人性和亲动物性)，其有性期为万博节皮菌；无性形本海姆节皮菌（T. anamorph of A.benhamiae）；须癣毛癣菌（T. mentagrophytes），其有性期为猴毛节皮菌；和T.ernacei，其有性期为本海姆节皮菌。其中趾间毛癣菌也可进一步区分为亲动物性或亲人性。

红色毛癣菌复合体包括红色毛癣菌的所有变种、T. fischeri、T. kanei、T.raubitschenkii、苏丹毛癣菌、麦格尼毛癣菌和格威利毛癣菌。紫色毛癣菌包括了紫色毛癣菌和T.yaoundei。

毛霉目真菌

我国导致慢性（亚急性）皮肤软组织感染的常见致病菌为多变根毛霉（Rhizmucor varibilis）。既往认为属于根毛霉属，但近期的研究显示将其归于毛霉属更为合适，其名称改为不规则毛霉（Mucor irregularis）。

 横梗霉（曾用名：犁头霉）

在毛霉病致病菌中犁头霉仅次于根霉常见。犁头霉形态特征是梨形的大型孢子囊，具有显著的囊托和多分枝的孢囊梗。犁头霉样真菌有3个不同的属：犁头霉属（Absidia sensu stricto），Lentamyces和横梗霉（Lichtheimia）。仅第3个属，即横梗霉属可以致病。

分子系统学的研究使得我们对真菌种的概念认识更为深刻，许多依据形态归为一个种的真菌被拆分为多个种，原有种的概念扩展为复合体。这部分涉及菌种较多，包括烟曲霉复合体、黑曲霉复合体、孢子丝菌、波氏假阿利什霉/尖端赛多孢、着色霉、近平滑念珠菌和光滑念珠菌等。