既往观念认为“肺是无菌的”，而随着现代微生物鉴定技术的不断发展，这一观念逐渐被打破并不断革新。研究发现，下呼吸道存在正常菌群，呼吸道微生态与呼吸道疾病存在着多种联系。

一、概念与背景

关于“呼吸道微生态”概念更新的这场革命要求对肺部微生物的相关定义更加严格，因此，对Microbiota、Microbiome以及Microbial ecosystem的有明确的定义。由于对下呼吸道菌群来源的错误认识、细菌学鉴定技术的局限等原因，既往观念认为下呼吸为无菌环境，而目前通过肺微生物组学技术证实，健康下呼吸道含有与上呼吸道相似但丰度不同的菌群，有5种优势菌门：厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门、放线菌门。其主要来源有上呼吸道微量吸入、直接粘膜扩散、空气等，并且受微生物迁入、微生物消除和菌群的相对繁殖率影响，处于动态平衡。婴儿出生后即开始呼吸道微生物的定植，呼吸道不同微生物群落的形成与免疫系统的发育有关。目前证实的肺微生物组与其他器官的关系包括：肺—肠轴、肺—脑轴。      

二、肺微生物组的生理作用

呼吸道微生物直接或间接影响宿主免疫，反之，宿主通过内生力量或者外部因素影响微生物的组成。而呼吸道的微生物之间也存在相互促进和相互拮抗的双重影响。呼吸道上皮起到物理屏障的作用，同时呼吸道微生物与上皮相互作用塑造了肺部的免疫力。

正常情况下，肺部微生物高度多样性，丰度较低，宿主免疫也处于正常状态，而当肺部微生态失衡，则会激活宿主急/慢性炎症反应。呼吸道微生物组一方面促进肺的先天性和适应性免疫运转，一方面抑制免疫过度激活。微生物群诱导宿主局部免疫，而宿主免疫系统也在塑造微生物组成。

三、肺微生物组与呼吸疾病

研究发现，肺微生物与多种呼吸系统疾病相关，包括哮喘、COPD、支气管扩张、肺癌等。慢性肺部疾病患者肺部特异性微生物的丰度和代谢潜力增加，而多样性下降，导致免疫失调和肺结构改变。

四、肺微生物组与肺炎

目前研究认为，呼吸道内微生物生长受氧分压、pH值、温度、炎症细胞的浓度等多种因素影响。生态失调—炎症循环模型认为肺炎与肺部微生态的紊乱相关。肺炎患者的微生物群组成较健康人不同，且有特异性改变。抗生素、危重疾病和重症监护治疗等会削弱微生物依赖的定植抗性，促进机会性病原体的携带，并增加随后发展为HAP/VAP的风险。同时，肺微生物组与病毒和真菌感染也存在多种联系。

广谱抗生素的应用会增加HAP/VAP的风险，合理使用抗生素、监测治疗等手段可以增强微生物依赖的防御机制来预防肺炎。

最后，对于呼吸道微生态与相关疾病的研究，还有很多未知，举例说：微生物群的变化与疾病发生、发展及预后之间具体的联系，都有待我们进一步探索。