胃黏膜防护与攻击因子失衡是诱发胃肠疾病的根本机制。胃黏膜防护因子力量较强，攻击因子较弱时，胃肠道疾病的发病率会随之降低；防护因子力量较弱，而攻击因子较强时则易发生胃肠疾病。中医学认为“邪正相争、百病之由”“正气存内,邪不可干”。现代医学则认为，平衡失调是诱发相关疾病的根本原因。因此，明确中西医治疗胃肠疾病的思路及方法，对提高临床疗效尤为重要。

功能性胃肠病是消化专科门诊常见疾病，患者表现为多种胃肠道症状，而生化和影像学检查正常。

西医以罗马标准作为主要诊治指南，以患者的主要临床症状作为诊断依据，按照不同的脏器，提出精细的疾病和鉴别标准（食管、胃、肠道、胆道功能性疾病），并根据主要病理生理学异常，给予针对性治疗方法。

基础研究表明，功能性胃肠病存在多种病理生理异常，包括内脏感觉、胃肠运动、神经精神、激素水平等变化，且各因素间相互影响，形成复杂的交互作用网络，仅针对某一异常开展施治往往效果不佳。同时，临床实践发现许多患者常同时表现出符合多个功能性疾病诊断标准的临床症状，导致临床诊断困难，使功能性胃肠病的西医诊治标准在临床应用中遇到了巨大挑战。

传统中医药在功能性胃肠病的诊治中具有巨大优势：

第一，传统中医注重辨证方法，通过收集患者症状信息和体格检查对疾病进行诊断，不依赖于实验室和影像学检查，契合功能性胃肠病的症状诊断思路；

第二，遵循功能性解剖概念，不囿于具体的脏器解剖，采用宏观辨证方法进行诊断。通过阴、阳、寒、热、虚、实与相关功能脏器结合，系统地对消化不良、排便异常等症状进行更为细化的病因学分类，将功能性消化不良分为脾虚气滞、肝胃不和、脾胃湿热、脾胃虚寒等类型。这种分类较西医功能性消化不良分类标准中的PDS和EPS分类更为细致，且破除上下消化道、不同消化系统脏器间的区隔，兼顾精神因素的影响，符合功能性消化不良多因素致病的特点；

第三，使用的复方中草药含有多种药物成分，可从多靶点纠正胃肠病理生理异常，并提倡辨证施治，符合功能性胃肠病对症治疗原则。

长久以来，由于中医药缺乏客观检查依据的特性，其临床应用及疗效一直受到质疑。功能性胃肠病的疾病特性（有典型症状、无客观病理异常）为中西医结合提供了良好的契入点。

近年来，越来越多的传统中医药按照西医的研究标准被引入到功能性胃肠病的基础和临床研究中，逐步取得了可靠的结果和认可，相信中医药今后将在功能性胃肠病的诊治中发挥更大作用。