近年来，应用干细胞治疗难治性自身免疫病已有较多研究报道，其中主要可分为造血干细胞移植和间充质干细胞移植两大类。

造血干细胞移植起步于20世纪90年代，由于异体移植需要高强度的清髓处理，死亡率高，且术后易并发移植物抗宿主病，目前多采用自体移植。

我国接受移植的患者以系统性红斑狼疮最多，国外则以系统性硬化和系统性红斑狼疮为主。造血干细胞移植费用高，需经历造血、免疫重建，具有‍5%~10%的移植相关死亡率，不良反应较多，尤以感染最为突出，此外还有约8%会发生其他的自身免疫病。而在疗效方面，尚无证据表明该方法能治愈疾病，且半数以上会出现疾病复发。

鉴于以上情况，造血干细胞在自身免疫病中的应用已大大受限，临床应注意慎重选择患者，一般需在疾病不可逆进展和（或）预计死亡率高、脏器损害尚不严重且对其他治疗无效或当前缺乏有效的治疗措施时再考虑采用。

与造血干细胞相比，间充质干细胞兼具免疫调节和修复作用，来源广泛，无需化疗和预处理，并发症少，费用低，在自身免疫病治疗上更具优越性。

由于患者体内间充质干细胞自身可能存在异常，同时异种细胞输注后无排异反应，目前多采用异体移植。初步研究显示，间充质干细胞移植对系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、干燥综合征、系统性硬化等多种自身免疫病具有良好的治疗效果。

目前，间充质干细胞的来源、制备、储存、体外扩增、使用程序等还没有统一的标准，其治疗的适应证、起效时间、疗效维持时间等尚不清楚，需结合机制研究加以确定；在不同疾病中的疗效亦有待大样本随机对照研究进一步证实。

此外，尽管不良反应轻微，间充质干细胞与感染和肿瘤的关系仍有待长期观察。在解决以上问题后，间充质干细胞无疑将在自身免疫病的治疗中具有广阔的应用前景。