亚太临床微生物学和感染病学会（APSCMI）主席薛博仁告诉记者，在抗生素耐药方面，大陆和台湾地区情况差异较大。

革兰阳性菌耐药中，引起业界关注较多的是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）。MRSA主要引起院内感染，台湾MRSA院内感染率为50%~60%，重症监护室（ICU）为70%~80%，最近由于两地院内加强了对抗生素的管理，该数据有所下降。但是，目前台湾社区MRSA感染仍上升，约为30%，大陆则为5%~10%。因此，亟需加强对社区感染的控制。此外是万古霉素耐药，这主要是由于近年万古霉素药物的大量使用所致，主要出现在重症和血液病患者身上，并且大陆、台湾的耐药情况显著不同。台湾万古霉素耐药为20%~30%,大陆为5%~10%。但薛教授认为，如果开展全面调查，数据可能会上升。

革兰氏阴性菌耐药的最大问题是鲍曼不动杆菌。在大陆，ICU患者感染率为70%~80%，而台湾为50%~60%。其中全耐药菌占1%~5%，广泛耐药菌占40%~50%。再加上ICU患者大部分病情严重、治疗困难，因此鲍曼不动杆菌耐药成为大部分亚洲国家最严峻的问题。感染比例最高的是产超广谱β内酰胺酶的肠杆菌科细菌，在大陆感染率为50%~60%，台湾为10%~20%。同时，较引人关注的还有铜绿假单胞菌，尤其是碳青霉烯耐药的铜绿，因为碳青霉烯类抗生素是危重患者的常用药。在大陆感染率约为30%，台湾为10%~20%。

台湾很早就开始了抗生素管理，而大陆在2012年卫生计生委出台《抗菌药物临床应用管理办法》之前，抗生素使用大多处于无序状态。台湾的感染专科医师需先经内科、小儿科训练，再经两年感染症学习、抗生素使用的训练，才能进入医院成为感染专科医师。

此外台湾的全民健保不同于大陆的社保，全民健保也会涉及到医院院内感染及抗生素管理。除此之外，台湾感染症医学会制定了13个相关指南，指南内容非常详尽，甚至涉及青霉素皮测，大大规范了抗生素的用药管理。