在现代医院治理方面，日本医疗机构经历了“从追着别人走，到跟着别人走，再到现在走自己的路”这样一种发展历程，从中可以看到医疗服务的人权标准对于日本医院治理现代化的深刻影响。

其一，建立高品质、高效率的医疗体制。尊重患者的权利和选择，构筑使国民安心的医疗基础设施。如医疗机构的分配和合作、儿童急救的确保、电子病历等院内信息系统引进和远程治疗的普及，都体现出实现患者权利的要求。为此，十分重视相关信息的提供，为的是尊重患者立场。在此基础上，向患者提供治疗方案，待其同意后方实施。值此之故，千方百计建设提供信息的渠道，如病名标准化、医疗信息化、医疗机构信息公开化和提供标准的医疗指南。 

其二，实现法治化管理。日本的医疗法系比较完善，有医疗法、健康保险法、护理保险法和健康增进法等。不仅如此，日本政府在医院宏观管理方面注重医疗法规的不断完善，例如，1992年第二次修改医疗法，1997年第三次修改，2000年第四次修改，使之不断适应医疗市场健康发展要求。更重要的是，医疗行为法律法规和各项制度，得到绝大多数卫生工作者自觉执行。随着人权观念的普及，社会-人文医学的发达，医疗界认识到，诊疗过程中医务人员虽然在技术上处于主动的支配地位，但要避免高人一等的“优越感”；患者由于在专业知识上处于被动的服从地位，医护人员在服务中是否维护患者权利，必须由医院来监督。    

其三，注重社会-人文医学原理的实际应用，以此不断提高对患者的服务。建立医院/医生与患者及家属制度化的沟通机制，向患者正确地介绍病情、耐心地解释医疗信息，与患者商讨不同治疗方案（如手术与非手术治疗）的利弊，以及不同结果出现的可能性；实行医药分开和医药合作，扩充药剂师的服药管理指导业务；实行预约诊病和电子诊病记录，缩短患者候诊时间；实行人性化管理，如建立女性专用病房、看护护理、物品保管和建立儿童中心；医疗服务从传统的专家治疗向患者满意、员工满意和组织活化的方向发展，从患者被动接受治疗到患者本人就是治疗者的方向发展，从而提高医院的活化度。