慢性咳嗽分为特异性咳嗽和非特异性咳嗽，前者是诊断明确的疾病的一个症状；后者则指咳嗽为主要或唯一表现，病程>4周、胸部X线未见明显异常者。这两者在鉴别诊断过程中有所重叠。

《中国儿童慢性咳嗽诊断与治疗指南（2013版》专门将容易混淆的一些特异性咳嗽作了描述，例如先天性呼吸道疾病、异物吸入、特定病原体引起的呼吸道感染，如百日咳、迁延性细菌性支气管炎等，进一步拓宽了诊断思路。

临床诊断儿童慢性咳嗽应充分考虑年龄因素，不同年龄儿童慢性咳嗽的常见病因有咳嗽变异性哮喘、上气道咳嗽综合征、呼吸道感染后咳嗽、胃食管反流性咳嗽、心因性咳嗽、非哮喘性嗜酸粒细胞性支气管炎、过敏性咳嗽和耳源性咳嗽等。指南描述了各主要病因的临床特征与诊断线索，并指出要注意儿童慢性咳嗽病因的复杂性和可变性，要注意儿童慢性咳嗽多病因的可能性。

应该清醒认识到慢性咳嗽只是一个症状，要尽可能明确引起慢性咳嗽的病因。诊断程序应从简单到复杂，从常见病到少见病，并应注意各病因引起咳嗽在24 h内的好发时相。诊断性治疗有助于诊断，推荐诊断性治疗的顺序是咳嗽变异性哮喘、上气道咳嗽综合征和呼吸道感染后咳嗽。该诊断流程有助于减少不必要的检查和检测，有助于减少盲目过度的药物治疗。

指南对各常见病因的治疗原则也作了介绍。病因不明者，可进行经验性治疗，如果治疗后咳嗽症状没有缓解，应重新评估。

另外治疗后，还应加强随访和再评估的过程。医生在治疗过程中还应加强与患儿和其父母的沟通。